La FDNB est structurée en une organisation comprenant les Services Centraux de l’Etat-Major Général à savoir :
- le Service chargé de l’administration et de la gestion du personnel «G1» en sigle;
- le Service chargé du renseignement militaire «G2» en sigle;
- le Service chargé de l’instruction, de l’entrainement et des opérations «G3» en sigle;
- le Service chargé de la logistique «G4» en sigle;
- le Service chargé de la planification «G5» en sigle;
- le Service chargé des systèmes d’information et des communications «G6» en sigle;
- le Service chargé de la formation «G7» en sigle;
- le Service chargé du budget et des finances «G8» en sigle ;
- le service chargé du moral des militaires et des relations publiques «G9» en sigle ;
- le Service de santé ;
- les juridictions militaires et le ministère public près les juridictions militaires ;
- le Service de l’aumônerie militaire.