La FDNB est structurée en une organisation comprenant les Services Centraux de l'EMG/FDNB ainsi que les Composantes à savoir la Force Terrestre, la Force de la Marine, la Force Aérienne et des Unités Spécialisées.

L'Etat-Major Général comprend notamment :

• le Service chargé de l'administration et la gestion du personnel (G1);
• le Service chargé du renseignement militaire (G2) ;
• le Service chargé de l'instruction, de l'entraînement et des opérations (G3);
• le Service chargé de la logistique (G4);
• le Service chargé de la planification (G5);
• le Service chargé des systèmes d'information et des communications (G6);
• le Service chargé de la formation (G7);
• le Service chargé du budget et des finances (G8);
• le Service chargé du moral des militaires et des relations publiques (G9);
• le Service de santé ;
• les juridictions militaires et le Ministère Public près les mêmes juridictions militaires;
• le Service de l'aumônerie militaire.